中性蛋白酶和木瓜蛋白酶都是食品及饲料领域重要的加工助剂，两者主要在来源、性质、作用机制、应用场景等方面存在区别。

酶系来源：木瓜蛋白酶主要来源于木瓜的未成熟果实，通过割取的浆汁，这些浆汁中含有丰富的木瓜蛋白酶。通过收集乳胶，并采用适当的提取和纯化方法，可以得到高纯度的木瓜蛋白酶。从乳胶中提取木瓜蛋白酶是目前工业生产中常用的方法之一。中性蛋白酶主要由微生物发酵产生，主要由枯草芽孢杆菌提取，这些细菌在生长代谢过程中会分泌中性蛋白酶到细胞外，以分解环境中的蛋白质，获取氮源等营养物质。工业上常利用这些细菌进行大规模发酵生产中性蛋白酶。

最适反应条件：木瓜蛋白酶的适宜 pH 值范围较广，在 pH 值 4.0 - 9.0 之间都有较好的活性，尤其在偏酸性环境中仍能保持较高活性，最适作用温度通常在 55 - 65℃。中性蛋白酶在中性 pH 值（6.0 - 7.5）条件下活性较高且稳定，但在酸性或碱性环境中活性可能会下降。最适作用温度一般在 40 - 60℃。

上图为中性化蛋清酶

中性蛋白酶和木瓜蛋白酶应用场景的区别

中性蛋白酶：面粉减筋，生产酥性饼干；小麦蛋白改性及水解，生产小麦蛋白肽；啤酒的澄清，防止冷浑浊；在制革工业中，用于皮革的脱毛和软化；加入饲料中，做为外源酶补充，提高动物吸收消化率；

木瓜蛋白酶：在食品加工工艺重工业中，适用于肉包装材料的嫩化、也可产出嫩肉粉；纯生黑啤的梳理、挺高纯生黑啤外观；食品的松疏，产出酥性食品等 ；鲜发酵粉抽提物产出域，变快鲜发酵粉破壁的速度、是鲜发酵粉抽提物产出决定性的加工工艺消泡剂。

碱式盐化核胆固醇酶酶和木瓜核胆固醇酶酶的会使用，核心据具体的的市场需求和技术标准来会使用。举例，对必须 在弱酸性标准中实现的核胆固醇酶质电离过程中，木瓜核胆固醇酶酶可能性是更高的会使用；而对在碱式盐化标准下实现的工艺生产的，碱式盐化核胆固醇酶酶则最为可用于。

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